Em 1147, Afonso Henriques conquista Mafra aos Mouros. A vila será depois doada por D. Sancho I ao seu donatário, o bispo de Silves, D. Nicolau, que em 1190 lhe há de conceder foral.
Mais tarde, já durante o período manuelino, assiste-se à reformulação dos forais sucessivamente concedidos entre o século XI ao século XV. O foral de Mafra será reformulado por D. Manuel, e entre 1513 e 1516 são também reformulados os forais da Ericeira e de Cheleiros. Em 1519 chega a vez da atribuição de foral à Enxara dos Cavaleiros, ano em que o Gradil vê também o seu foral ser confirmado.
Mafra assistirá depois às invasões napoleónicas e em 1910 serviria de refúgio a um D. Manuel II em fuga.
A partir de 1840, a tropa ocupa o convento, de onde nunca saiu até hoje. Entre 1848 e 1859 e entre 1870 e 1873, o convento albergará o Real Colégio Militar e depois a Escola Prática de Infantaria e Cavalaria, que haveria de preceder a atual Escola das Armas.